طراحی و به‌کارگیری روش LAMP در جهت تشخیص مولکولی استرپتوکوک پیوژنز

Massomeh Masoomikarimi1
, Mehdi Mirzaei2
, Pirasteh Norouzi3
, Mojgan Fazli4
, Sanaz Dehbashi5
, Davoud Afshar6
, Moslem Jafarisani7
1- دانشگاه علوم پزشکی شاهرود- دانشکده پزشکی- گروه علوم پایه- کارشناسی ارشد ایمونولوژی.
2- دانشگاه علوم پزشکی شاهرود- دانشکده پزشکی- گروه علوم پایه- دکترای تخصصی باکتری‌شناسی.
3- دانشگاه علوم پزشکی شاهرود- دانشکده پزشکی- گروه علوم پایه- کارشناسی ارشد بیولوژی.
4- دانشگاه علوم پزشکی شاهرود- دانشکده پزشکی- گروه علوم پایه- کارشناسی ارشد میکروب‌شناسی.
5- دانشگاه علوم پزشکی همدان- دکترای تخصصی باکتری‌شناسی.
6- دانشگاه علوم پزشکی زنجان- دانشکده پزشکی- گروه میکروب‌شناسی- دکترای تخصصی باکتری‌شناسی پزشکی.
7- دانشگاه علوم پزشکی شاهرود- دانشکده پزشکی- گروه علوم پایه- دکترای تخصصی بیوشیمی بالینی.

چکیده


مقدمه: استرپتوکوکوس پیوژنز کلونیزه‌کننده پوست و گلو در بسیاری از انسان‌ها است. این باکتری علاوه بر عفونت‌های چرکی حاد، مسئول عوارض و بیماری‌های خودایمن بعد از عفونت شامل آرتریت واکنشی، گلومرولونفریت و تب روماتیسمی می‌باشد. روش استاندارد طلایی برای شناسایی استرپتوکوکوس پیوژنز، کشت است. اما به‌دليل زمان‌بر بودن روش مذکور و اهمیت تشخیص سریع آن، استفاده از روش‌های مولکولی مفید است. تکنیک LAMP روش نسبتاً جدیدی است که حساسیت و اختصاصیت بالایی در تشخیص عفونت‌های باکتریایی دارد. هدف از این مطالعه، استفاده از تکنیک LAMP براساس ژن ستوکروم اکسیداز (oxaA) برای شناسایی استرپتوکوکوس پیوژنز است.

مواد و روش‌ها: روش LAMP با 6 پرایمر برای توالی خاص oxaA در استرپتوکوکوس پیوژنز طراحی شد. غلظت‌های مختلفی از سولفات منیزیم، دزوکسی نوکلئوتید تری‌فسفات و پرایمرها برای بهینه‌سازی روش استفاده گردید.

نتایج: واکنش LAMP با غلظت‌های 10 uM از هر کدام از پرایمرهای LB، LF،F3 و B3، 40 uM از هر کدام از پرایمرهای FIP و BIP، 0.4mM dNTPs و 8mM MgSo4 طی 1 ساعت و در دمای 63 درجه سانتیگراد راه‌اندازی گردید.

نتیجه‌گیری: روش LAMP در مقایسه با PCR روش سریعی برای شناسایی استرپتوکوکوس پیوژنز می‌باشد.


واژه های کلیدی


استرپتوکوکوس پیوژنز، Loop mediated isothermal amplification assay، تشخیص اختصاصی.

تمام متن:

PDF XML

مراجع


Terao Y. The virulence factors and pathogenic mechanisms of Streptococcus pyogenes. Journal of Oral Biosciences 2012;54:96-100. doi: 10.1016/j.job.2012.02.004

Ralph AP, Carapetis JR. Group a streptococcal diseases and their global burden. Curr Top Microbiol Immunol 2013;368:1-27. doi: 10.1007/82_2012_280

Uchiyama S, Döhrmann S, Timmer AM, Dixit N, Ghochani M, Bhandari T, et al. Streptolysin o rapidly impairs neutrophil oxidative burst and antibacterial responses to group a streptococcus. Front Immunol 2015;6:581. doi: 10.3389/fimmu.2015.00581

Fiedler T, Koller T, Kreikemeyer B. Streptococcus pyogenes biofilms-formation, biology, and clinical relevance. Front Cell Infect Microbiol 2015;5:15. doi: 10.3389/fcimb.2015.00015

Walker MJ, Barnett TC, McArthur JD, Cole JN, Gillen CM, Henningham A, et al. Disease manifestations and pathogenic mechanisms of group a streptococcus. Clin Microbiol Rev 2014;27:264-301. doi: 10.1128/CMR.00101-13

Langlois DM, Andreae M. Group a streptococcal infections. Pediatr Rev 2011;32):423-9. doi: 10.1542/pir.32-10-423

Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res 2000;28:e63-e63.

Nagamine K, Hase T, Notomi T. Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers. Mol Cell Probes 2002;16:223-9.

Ranjbar R, Afshar D. Development of a loop-mediated isothermal amplification assay for rapid detection of Yersinia enterocolitica via targeting a conserved locus. Iran J Microbiol 2015;7:185-90.

Ranjbar R, Karami A, Farshad S, Giammanco GM, Mammina C. Typing methods used in the molecular epidemiology of microbial pathogens: a how-to guide. New Microbiol 2014;37:1-15.

Ushikubo H. Principle of LAMP method--a simple and rapid gene amplification method. Uirusu 2004;54:107-12.

Cunningham MW. Pathogenesis of group A streptococcal infections. Clin Microbiol Rev 2000;13:470-511.

Henson AM, Carter D, Todd K, Shulman ST, Zheng X, et al. Detection of streptococcus pyogenes by use of illumigene group a streptococcus assay. J Clin Microbiol 2013;51:4207-9. doi: 10.1128/JCM.01892-13

Fox JW, Marcon MJ, Bonsu BK. Diagnosis of streptococcal pharyngitis by detection of Streptococcus pyogenes in posterior pharyngeal versus oral cavity specimens. J Clin Microbiol 2006;44:2593-4. doi: 10.1128/JCM.00797-06

Dong HJ, Cho AR, Hahn TW, Cho S. Development of a loop-mediated isothermal amplification assay for rapid, sensitive detection of campylobacter jejuni in cattle farm samples. J Food Prot 2014;77:1593-8. doi: 10.4315/0362-028X.JFP-14-056

Kawamura Y, Whiley RA, Shu SE, Ezaki T, Hardie JM, et al. Genetic approaches to the identification of the midas group within the genus streptococcus. Microbiology 1999;145:2605-13. doi: 10.1099/00221287-145-9-2605

Seki M, Yamashita Y, Torigoe H, Tsuda H, Sato S, Maeno M. Loop-mediated isothermal amplification method targeting the lytA gene for detection of streptococcus pneumoniae. J Clin Microbiol 2005;43:1581-6. doi: 10.1128/JCM.43.4.1581-1586.2005

Abdeldaim G, Herrmann B, Mölling P, Holmberg H, Blomberg J, Olcén P, et al. Usefulness of real‐time PCR for lytA, ply, and Spn9802 on plasma samples for the diagnosis of pneumococcal pneumonia. Clin Microbiol Infect 2010;16:1135-41. doi: 10.1111/j.1469-0691.2009.03069.x

Xia Y, Guo XG, Zhou S. Rapid detection of Streptococcus pneumoniae by real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification. J Thorac Dis 2014;6:1193-9. doi: 10.3978/j.issn.2072-1439.2014.07.29

Kim DW, Kilgore PE, Kim EJ, Kim SA, Anh DD, Dong BQ, et al. The enhanced pneumococcal LAMP assay: a clinical tool for the diagnosis of meningitis due to Streptococcus pneumoniae. PLoS One 2012;7:e42954.

Anderson NW. Multicenter clinical evaluation of the illumigene group A streptococcus DNA amplification assay for detection of group A streptococcus from pharyngeal swabs. J Clin Microbiol 2013;51:1474-7.

Felsenstein S, Faddoul D, Sposto R, Batoon K, Polanco CM, Dien Bard J. Molecular and clinical diagnosis of group A streptococcal pharyngitis in children. J Clin Microbiol 2014;52:3884-9. doi: 10.1128/JCM.01489-14

Zhao X, He X, Li H, Zhao J, Huang S, Liu W, et al. Detection of streptococcus pyogenes using rapid visual molecular assay. FEMS Microbiol Lett 2015;362:fnv148. doi: 10.1093/femsle/fnv148

Cao C, Zhang F, Ji M, Pei F, Fan X, Shen H, et al. Development of a loop-mediated isothermal amplification method for rapid detection of streptococcal pyrogenic exotoxin B. Toxicon 2016;117:53-8. doi: 10.1016/j.toxicon.2016.03.019




DOI: 10.22100/jkh.v11i4.1512

Smiley face
محتویات مجله دانش و تندرستي در علوم پایه پزشکی تحت پوشش قوانین حق نشر و تکثیر بین المللی (CC-BY-NC) است. طبق این مجوز همه استفاده کنندگان اجازه مطالعه، کپی و توزیع مطالب مجله برای مقاصد غیر تجاری منوط به ارجاع به کار دارند.
©این سایت با استفاده از ojs ایجاد شده است. انتشار مطالب سایت با ذکر منبع بلامانع است.