توالی‌یابی و رسم درخت فیلوژنیک باکتری‌های اندوفیت گیاه Rhabdosciadium Aucheri به روش Sanger Sequencing و تعیین اثر ضد قارچی آنها

نویسندگان

  • نگیسا زارعی - کارشناس ارشد میکروبیولوژی، گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد همدان، همدان، ایران. orcid https://orcid.org/0009-0004-3562-7513
  • رضا حبیبی پور - دانشیار، گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد همدان، همدان، ایران. orcid https://orcid.org/0000-0002-1632-2624

DOI::

https://doi.org/10.22100/jkh.v20i2.3427

کلمات کلیدی:

لاکتوباسیلوس پلانتاروم, تعیین توالی, باکتری‌های اندوفیت, آسپرژیلوس

چکیده

مقدمه: خواص منحصر به فرد باکتری‌های اندوفیت به خوبی مشخص نیست. باکتری‌های اندوفیت برخی گیاهان مانند Rhabdosciadium aucheri، ممکن است با خواص ضدمیکروبی قارچ‌های بیماری‌زا از بین ببرند. هدف از این مطالعه توالی‌یابی و رسم درخت فیلوژنیک باکتری‌های اندوفیت گیاه R.aucheri به روش sanger sequencing و تعیین اثر ضد قارچی آنها می‌باشد.

مواد و روشها: نمونه‌های گیاهی در این مطالعه ﺗﻮﺻﻴﻔﻲ- تحلیلی با روش تصادفی و آسان و در دسترس جمع‌آوری شدند. روش کشت بر روی پلیت برای شناسایی اولیه باکتری‌های اندوفیت استفاده گردید. روش PCR برای تشخیص مولکولی باکتری‌های اندوفیت و تعیین توالی بهینه‌سازی شد. اثر مهاری این باکتری‌های اندوفیت بر آسپرژیلوس نایجر و کاندیدا آلبیکنز به روش کشت متقاطع سنجیده شد.

نتایج: از مجموع 100 ایزوله‌ی باکتریایی جدا شده از R.aucheri، 9 ایزوله (9%) باسیلوس پومیلوس، 15 ایزوله (15%) باسیلوس سوبتیلیس، 12 ایزوله (12%) سراشیا فیکاریا، 14 ایزوله (14%) باسیلوس آمیلولیکوفاسینس، 8 ایزوله (8%) پانتوئه‌آ آگلومرانس و 7 ایزوله (7 درصد) سوداروباکتر اکسیدانس بودند. نتایج تعیین توالی نشان دادند که تفاوت گونه‌های مختلف باسیلوس مربوط به جایگاه‌های T و G بودند. همچنین باسیلوس‌های جداسازی شده بیشترین تأثیر را برروی قارچ آسپرژیلوس نایجر نشان دادند.

نتیجهگیری: با استناد به نتایج ما، ریشه گیاه R.aucheri محلی مناسب برای جداسازی باسیلوس‌های دارای پتانسیل بالای ضد میکروبی است. همچنین مشخص شد که گونه باسیلوس سوبتیلیس در مقایسه با باکتری‌های دیگر قدرت بیشتری برای مهار قارچ‌های بیماری‌زا دارد.

مراجع

Kim J-S, Seo S-G, Jun B-K, Kim J-W, Kim S-H. Simple and Reliable DNA Extraction Method for the Dark Pigmented Fungus, Cercospora sojina. The Plant Pathology Journal. 2010;26:289-92.

Yunita M, Lumbantobing R, Tahitu R. Antifungal Activity of Endophytic Bacteria Isolated from Miana Plants (Coleus scutellarioides (L.) Benth.) against Candida albicans. Folia Medica Indonesiana. 2023;59:274-81.

Palmieri D, Vitale S, Lima G, Di Pietro A, Turrà D. A bacterial endophyte exploits chemotropism of a fungal pathogen for plant colonization. Nature Communications. 2020;11(1):5264.

Kazemeini F, Asri Y, Mostafavi G, Kalvandi R, Mehregan I. RAPD-based evaluation of genetic diversity among populations of the Iranian endemic species Rhabdosciadium aucheri Boiss. (Apiaceae). Mol Biol Rep. 2020;47(12):9345-52.

Mohamad OAA, Li L, Ma J-B, Hatab S, Xu L, Guo J-W, Rasulov BA, Liu Y-H, Hedlund BP, Li W-J. Evaluation of the Antimicrobial Activity of Endophytic Bacterial Populations From Chinese Traditional Medicinal Plant Licorice and Characterization of the Bioactive Secondary Metabolites Produced by Bacillus atrophaeus Against Verticillium dahliae. Front Microbiol. 2018;9.

Tahmasebi H, Dehbashi S, Arabestani MR. New approach to identify colistin-resistant Pseudomonas aeruginosa by high-resolution melting curve analysis assay. Lett Appl Microbiol. 2020;70(4):290-9.

Manias D, Verma A, Soni DK. 1 - Isolation and characterization of endophytes: Biochemical and molecular approach. In: Kumar A, Singh VK, editors. Microbial Endophytes: Woodhead Publishing; 2020. p. 1-14.

Woksepp H, Ryberg A, Billström H, Hällgren A, Nilsson LE, Marklund B-I, Olsson-Liljequist B, Schön T. Evaluation of high-resolution melting curve analysis of ligation-mediated real-time PCR, a rapid method for epidemiological typing of ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, and Enterobacter Species) pathogens. J Clin Microbiol. 2014;52(12):4339-42.

Bokaeian M, Tahmasebi H. Molecular identification of genes responsible for resistance to aminoglycosides and methicillin in clinical samples of Staphylococcus Aureus. J Babol Univ Med Sci. 2017;19(3):38-46.

Chatzidimopoulos M, Ganopoulos I, Vellios E, Madesis P, Tsaftaris A, Pappas AC. Development of a two-step high-resolution melting (HRM) analysis for screening sequence variants associated with resistance to the QoIs, benzimidazoles and dicarboximides in airborne inoculum of Botrytis cinerea. FEMS Microbiol Lett. 2014;360(2):126-31.

Heydari N, Alikhani MY, Tahmasebi H, Asghari B, Arabestani MR. Design of Melting Curve Analysis (MCA) by Real-Time Polymerase Chain Reaction Assay for Rapid Distinction of Staphylococci and Antibiotic Resistance. Arch Clin Infect Dis. 2019;14(2):e81604.

Dehbashi S, Tahmasebi H, Sedighi P, Davarian F, Arabestani MR. Development of high-resolution melting curve analysis in rapid detection of vanA gene, Enterococcus faecalis, and Enterococcus faecium from clinical isolates. Trop Med Health. 2020;48(1):8.

Taniwaki MH, Pitt JI, Iamanaka BT, Sartori D, Copetti MV, Balajee A, Fungaro MHP, Frisvad JC. Aspergillus bertholletius sp. nov. from Brazil Nuts. PLOS ONE. 2012;7(8):e42480.

Tahmasebi H, Dehbashi S, Arabestani MR. High resolution melting curve analysis method for detecting of carbapenemases producing pseudomonas aeruginosa. Journal of Krishna Institute of Medical Sciences University. 2018;7(4):70-7.

Das G, Park S, Choi J, Baek KH. Anticandidal Potential of Endophytic Bacteria Isolated from Dryopteris uniformis (Makino). Jundishapur J Microbiol. 2019;12(1):e69878.

Santra HK, Dutta R, Banerjee D. Antifungal activity of bio-active cell-free culture extracts and volatile organic compounds (VOCs) synthesised by endophytic fungal isolates of Garden Nasturtium. Sci Rep. 2024;14(1):11228.

Aprianti T. Utilization of sugarcane bagasse and banana midrib mixture as raw materials for paper making using acetosolve method. IOP Conference Series: Materials Science and Engineering. 2019;620:012020.

Baharuddin N, Zakaria N. The biodiversity and conservation status of the marine gastropod (Mollusca; Gastropoda) in Pulau Bidong, Terengganu, Malaysia. AACL Bioflux. 2018;11:988-1000.

Das, Patra JK, Choi J, Baek K-H. Anticandidal effect of endophytic bacteria isolated from Equisetum arvense L. against Candida albicans and Candida glabrata. Brazilian Archives of Biology and Technology. 2017;60.

Nisa S, Shoukat M, Bibi Y, Al Ayoubi S, Shah W, Masood S, Sabir M, Asma Bano S, Qayyum A. Therapeutic prospects of endophytic Bacillus species from Berberis lycium against oxidative stress and microbial pathogens. Saudi J Biol Sci. 2022;29(1):287-95.

Erjaee Z, Shekarforoush SS, Hosseinzadeh S. Identification of endophytic bacteria in medicinal plants and their antifungal activities against food spoilage fungi. J Food Sci Technol. 2019;56(12):5262-70.

Shah JJ, Khedkar V, Coutinho EC, Mohanraj K. Design, synthesis and evaluation of benzotriazole derivatives as novel antifungal agents. Bioorg Med Chem Lett. 2015;25(17):3730-7.

Boiu-Sicuia O-A, Toma RC, Diguță CF, Matei F, Cornea CP. In Vitro Evaluation of Some Endophytic Bacillus to Potentially Inhibit Grape and Grapevine Fungal Pathogens. Plants. 2023;12(13):2553.

Medison RG, Tan L, Medison MB, Chiwina KE. Use of beneficial bacterial endophytes: A practical strategy to achieve sustainable agriculture. AIMS Microbiology. 2022;8(4):624-43.

Idiyatov II, Eroshin AI, Yusupov SA, Tremasova AM, Biryulya VV. Endophytic bacteria antagonists of the micromycete Aspergillus flavus: the prospect of improving the quality of food raw materials and food products. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. 2022;949(1):012072.

دانلود

چاپ شده

2025-09-13

شماره

نوع مقاله

مقاله پژوهشي

مقالات بیشتر خوانده شده از همین نویسنده

<< < 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 > >>