طراحي روشي جدید مبتنی‌بر ARMS PCR براي تشخيص ژنوتيپ پلي‌مورفيسم C/T 1562- در پروموتور ژن MMP-9

نویسندگان

  • Morteza Sadeghi دانشگاه اصفهان- دانشکده علوم- گروه زیست‌شناسی، بخش ژنتیک، دانشجوي دکتراي ژنتيک مولکولي
  • Alireza Sabouri اداره پزشکی قانونی اصفهان- آزمایشگاه DNA- دکتراي علوم آزمايشگاهي

DOI::

https://doi.org/10.22100/jkh.v7i4.66

کلمات کلیدی:

مقدمه, کلاژناز نوع-4 (MMP-9) يکي از مهم‌ترين ژن‌هايي است که به‌علت هضم کلاژن مي‌تواند در جدايي سلول‌ها از بافت پايه و بدخيمي آنها نقش داشته باشد و به همين علت به‌عنوان يک تومور مارکر براي چنيدن سرطان مهم معرفي شده است. وجود پلي‌مرفيسم تك‌نكلئوتيدي T/C در

چکیده

مقدمه: کلاژناز نوع-4 (MMP-9) يکي از مهم‌ترين ژن‌هايي است که به‌علت هضم کلاژن مي‌تواند در جدايي سلول‌ها از بافت پايه و بدخيمي آنها نقش داشته باشد و به همين علت به‌عنوان يک تومور مارکر براي چنيدن سرطان مهم معرفي شده است. وجود پلي‌مرفيسم تك‌نكلئوتيدي T/C در ناحيه 1562- پروموتوري اين ژن، باعث افزايش بيان اين ژن در سطح رونويسي ازطريق كاهش اتصال پروتئين‌هاي مهار‌كننده رونويسي در افراد واجد آلل T مي‌گردد. با‌توجه‌ به اهميت اين پلي‌مورفيسم، هدف تحقيق حاضر طراحي روشي براي تعيين ژنوتيپ افراد در اين پلي‌مورفيسم، بدون استفاده از PCR-RFLP است.

مواد و روش‌ها: با استفاده از سايت اطلاعات ژني EPD توالي دو طرف منطقه موردنظر دريافت و نرم‌افزار PRIMER1 جهت طراحي چهار جفت پرايمر اختصاصي آلل براي دو طرف منطقه موردنظر استفاده شد. با انجام PCR‌هاي مختلف، دو جفت پرايمر بهتر انتخاب و PCR ARMS براي آنها بهينه‌سازي شد. براي تأييد نتايج PCR از تعيين توالي (Sequencing) استفاده شد.

نتايج: با استفاده از پرايمرهاي طراحي‌شده، محصول PCR داراي طول 205 نوکلئوتيد، نشانگر وجود آلل C و محصول داراي طول 253 نوکلئوتيد، نشانگر وجود آلل T بود.

نتيجه‌گيري: با استفاده از اين تکنيک بدون نياز به هضم آنزيمي RFLP و با سرعت و دقت بالا مي‌توان ژنوتيپ افراد را با يک PCR اختصاصي ARMS مشخص کرد.

مراجع

Forget MA, Desrosiers RR, Beliveau R. Physiological roles of matrix metalloproteinases; implications for tumor growth and metastasis. Can J Physiol Pharmacol 1999;77:465-480.

Chambers AF, Matrisian LM. Changing views of the role of matrix metalloproteinase in metastasis. Journal of the National Cancer Institue 2005;89:1260-1270.

Sternlicht MD, Werb Z. How matrix metalloproteinases regulate cell behavior. Annu Rev Cell Dev Biol 2001;17:463-516.

Pryzybylowska K, Kluuczna A, Zadrozny M. Polymorphisms of the promoter regions of matrix metalloproteinase genes MMP-1 and MMP-9 in breast cancer. Breast Cancer Research 2006;95:65-72.

Egeblad M, Werb Z. New functions for the matrix metalloproteinases in cancer progression. Nat Rev Cancer 2002;2:161-174.

Ozalp HM, Tanir OT, Yalcin S. Prognostic value of matrix metalloproteinase-9 (gelatinase-B) expression in epithelial ovarian tumors. Eur J Gynaecol Oncol 2003;24:417-420.

Simon C, Simon M, Vucelic G. The p38 SAPK pathway regulates the expression of the MMP-9 collagenase via AP-1-dependent promoter activation. Experimental Cell Research 2001;271:344-355.

Chandrasekar B, Mummidi S, Mahimainathan LN. Interleukin-18-induced human coronary artery smooth muscle cell migration is dependent on NF-B- and AP-1-mediated matrix metalloproteinase-9 expression and is inhibited by atorvastatin. J Biol Chem 2006;281(22):15099-15109.

Ogawa K, Chen H, Kuang C. Suppression of matrix metalloproteinase-9 transcription by transforming growth factor-β is mediated by a nuclear factor-κB site. Biochem J 2004;381(2):413-422.

Zhang B, Ye S, Hermann SM. Functional polymorphism in the regulatory region of gelatinase B gene in relation to severity of coronary atherosclerosis. Circulation 1999;99:1788-794.

Hemati S, Sadeghi M, Motovali Bashi M, Sahebi A, Malekshahi ZV. Higher plasma MMP-9 level in breast cancer patients with MMP-9 promoter T ALLELE. Jounal of Biological Reseach 2010;13:113-118.[Persian].

Sadeghi M, Motovali Bashi M, Hojati Z. MMP-9 promoter polymorphism associated with tumor progression of breast cancer in Iranian population. International Journal of Integrative Biology 2009;6(1):33-37.[Persian].

Miller SA, Dybes DD, Polesky HF. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Res 1988;16:1215.

Liotta LA, Tryggvason K, Garbisa V, Hart I, Foltz CM, Shafie S. Metastatic potential correlates with enzymatic degradation of basement membrane collagen. Nature 1980;284:67-68.

Murray GI, Duncan ME, Arbuckle E, Melvin WT, Fothergill JE. Matrix metalloproteinases and their inhibitors in gastric cancer. Gut 1998;43:791-797.

Hujanen ES, Vaisanen A, Zheng A, Tryggvason K, Turpeenniemi-Hujanen T. Modulation of M(r) 72,000 and M(r) 92,000 type-IV collagenase (gelatinase A and B) gene expression by interferons alpha and gamma in human melanoma. Int J Cancer 1994;58:582-586.

Jones JL, Glynn P, Walker RA. Expression of MMP-2 and MMP-9, their inhibitors, and the activator MT1-MMP in primary breast carcinomas. J Pathol 1999;189:161-168.

Rao JS, Steck PA, Mohanam S, Stetler- Stevenson WG, Liotta LA, Sawaya R. Elevated levels of M(r) 92,000 type IV collagenase in human brain tumors. Cancer Res 1993;53:2208-2211.

Sehgal I, Baley PA, Thompson TC. Transforming growth factor beta1 stimulates contrasting responses in metastatic versus primary mouse prostate cance r-derived cell lines in vitro. Cancer Res 1996;56:3359-3365.

Kallakury BV, Karikehalli S, Haholu A, Sheehan CE, Azumi N, Ross JS. Increased expression of matrix metalloproteinases 2 and 9 and tissue inhibitors of metalloproteinases 1 and 2 correlate with poor prognostic variables in renal cell carcinoma. Clin Cancer Res 2001;7:3113-3119.

Ye S, Dhillon S, Ke X, Collins AR, Day IN. An efficient procedure for genotyping single nucleotide polymorphisms. Nucleic Acids Res 2001;29:E88.

Okayama N, Fujimura K, Nakamura J, Suehiro Y, Hamanaka Y, Hinoda Y. Evaluation of a new efficient procedure for single-nucleotide polymorphism genotyping: tetra-primer amplification refractory mutation system polymerase chain reaction. Clin Chem Lab Med 2004;42:13-6.

دانلود

چاپ شده

2012-11-25

شماره

نوع مقاله

مقاله پژوهشي